Ngoài các ưu điểm về môi trường (giảm phát thải CH₄, mùi hôi và nước rỉ rác), phương pháp lên men còn giúp thu hồi năng lượng (dưới dạng khí đốt) và Sản phẩm “Mùn hữu cơ vi sinh”. Phương pháp này thường được áp dụng tại các nước phát triển do những yêu cầu về trình độ kỹ thuật trong chế tạo và vận hành thiết bị.

Phương pháp lên men có một số ưu điểm và nhược điểm như sau:

Ưu điểm:

-     Giảm diện tích đất sử dụng so với phương pháp chôn lấp.

-     Phần bã thải sau quá trình này được sử dụng làm nguyên liệu cho quá trình ủ hữu cơ vi sinh.

-     Sản phẩm của quá trình là khí gas sinh học sử dụng được làm nhiên liệu.

-     Không phát thải CH4 và nước rỉ rác.

Nhược điểm:

-     Chi phí đầu tư cao.

-     Yêu cầu trình độ kỹ thuật cao trong chế tạo và vận hành thiết bị.

-     Các thành phần bị nhiễm bẩn (từ các thành phần chất thải nằm trong danh mục chất thải nguy hại) không được sử dụng làm nguyên liệu cho quá trình này.

-     Cần quá trình tách lọc và loại bỏ các chất gây ô nhiễm, đặc biệt là các kim loại nặng.

-     Cần làm sạch biogas trước khi sử dụng.

-     Phương pháp lên men tạo khí sinh học kết hợp với sản xuất Phân hữu cơ vi sinh được coi là phương pháp hiệu quả nhất trong xử lý các thành phần chất thải hữu cơ trong chất thải rắn sinh hoạt.